跨境物流機場候機區分配相對機位分配要簡單得多，通常的分配原則是候機區盡可能安排靠近登機口，便于跨境物流貨物上下。前面曾提及到，值機開放時間過早，可能會產生候機區滯留的旅客密度過大，無形中將會增加候機區容量需求，特別是高峰時段。根據規定，候機區要能夠跨境電商的旅客有座位并且每位旅客站立而積不小于1平方米。
因此，機場運控部門，應根據各個環節的運轉狀態，及時調控值機開放節奏。在機場，需要充分考慮中轉旅客的“下機登機口一中轉手續辦理區一上機登機口”三者之間的貨運代理距離，以便中轉旅客有足夠的時間辦理貨運代理手續和轉機。因此，跨境物流機場候機樓設計階段就需要同步研究國際快遞流程、候機樓構型和功能布局，要真正體現樞紐機場“貨運為先”、“無縫銜接”和“便捷”的服務宗旨。
據SITA統計，2007年全球民航旅客運輸中49%的延遲與轉機有關門，這從負面說明了中轉流程對跨境物流正點的重要性。4.商務計劃跨境物流公司的商務調度計劃通常包括兩大部分內容：一是跨境物流計劃，包括正班航班、包機航班、加班航班的計劃。二是根據旅客航班計劃制訂隨機配載的貨物運輸計劃，即預配載，實際執行時將根據航班跨境物流和交運行李的實際情況進行調整。機場的商務計劃主要是所代理的航空貨運服務，同樣需要根據跨境物流計劃的航線和旅客信息進行貨物預配載，計劃在該航班飛機上將可能搭載的貨物，包括貨物的體積和重量的考慮。最后實際運行時，將根據航班貨運計劃的實際情況對預配載的貨物運輸計劃進行適當調整。
物流計劃的準備，不僅有利于保障航班正點，而且能夠有效地利用跨境物流公司的運載能力，特別是繁忙航線，能創造更多的航班效益。
