行政職能與業務功能兩大范疇作為港口主管機關，其職能覆蓋范圍涵蓋行業管理、戰略調控，以及國有產權代理等。而作為港務行政機構同時兼任市場的業務經營功能、業務經營管理兩大范疇，我們可以看出，前者為國家職能，而后者為市場主體業務所體現的功能。
產權關系與市場調節主體不清這種失誤導致港口的制度化治理結構存在內在矛盾。當然，這種情況的出現是有客觀具體的社會背景與發展環境的，我們不能說在當時是不合適的。當時中國的經濟正處于發展初期階段，進程還在起步，將一直以來作為國家計劃管理的交通運輸行業推向市場時，首先采取了具有國家壟斷特點的混合模式。港口的這種混合經濟模式的治理在西方薩繆爾遜的主張中似乎是合理的，而在我國對于港口從計劃推向市場的過程中，基于國情特點也是合乎實際的。但是，不管是在法治化治理還是制度化治理下，“產權”這個根源問題顯得越來越突出，特別是它在市場活動中所要求主體地位的“問題”的表現形式越來越多樣。政府、私人混合參股的“混合經濟體”形式在法國、德國等國家極為普遍。但是，對市場主體產權關系調控的尷尬與行政管理體制的多樣化內容卻不存在。
如何針對海運業大資本特征及其定位：“混合經濟體”也有其優勢當前，世界海運業的大資本、高風險、資產專用性及轉移沉淀成本高等特點，使海運業存在著高度慘烈的競爭，也形成了高度海運企業通過覆蓋全球主要航線與不同區域主要港口，向全球物流一體化經營人方向發展，形成了以“實力”為基礎行業競爭的較高門檻。事實上，這種大資本超實力的競爭如果在公私參股的“混合經濟模式”下運營，在國際競爭中體現的優勢也是很顯著的。但是，公與私兩種關系在西方市場產權關系下是可以調節的，我國如何規劃與協調好政與私這種關系，卻是我們目前的一種“困惑”。我國港口治理體系目前所沿襲的這種經濟色彩的高度集中模式，如果排除“產權”的主體地位與行政干預問題不論，“混合經濟體”這種色彩的實體來說，在執行中央政策與國家戰略上無疑相比較西方國家而言具有一定優勢。
如何協同港口行政治理與市場調節這兩方面協同機制“缺位”問題：制度化安排整合兩項資源當前，不容忽視的問題是，我們確實忽略了行政治理職能與業務經營功能兩個體系之間協調機制“缺位”的問題。如何正確將這兩個問題擺在促進市場主體發展的位置，是確立兩者之間協調機制的一個核心問題。當前，海運經營業與港口主體兩者之間的經營與治理的一體化進程已經成為不可阻擋的潮流。如何利用我國港口主體行政治理與市場調節這兩方面“缺位”的契機，發掘兩方面的優勢，對之間的協同作出制度化整合，從而發揮國家引導，將港口與航運推向新的高度。這一戰略利用得好，無疑對我國航運企業整合港口資源，在全球構建綜合物流一體化運營體系，在殘酷的世界海運競爭中提升自身的實力，具有戰略意義。
