設立歐洲空運聯合委員會。聯合委員會由締約方代表組成，負責協議的管理，就協議提出建議和做出決定。空運委員會采取一致同意的決策方式，但也可以對一個具體問題制定多數通過的決策機制。應制定程序性規定，主席應每年召開一次會議。
除了安全和安保領域外，保障措施應嚴格限制適用的范圍和周期，應以糾正為限，對空運協議執行的影響最小。一縮約方考慮采取保障措施時應立即通過聯合委員會通知其他締約方和聯合委員會，并提供包括采取的措施在內的相關信息，歐洲各方應在聯合委員會內進行磋商，尋求各方能夠接受的解決方法。一方的保障措施的期限不應超過1個月（從通知時開始起算），但是在1個月內各方在聯合委員會達成一致意見的除外。
如果聯合委員會未能在4個月內就一問題做出決議，締約方可以采取時間不超過6個月的保障措施。6個月后，歐洲締約國可以宣布即時退出協議。但是締約國不能對已經交由法院裁決事項實行保障措施。根據歐盟理事會和歐洲議會2004年3月10日通過的“創立單一歐洲天空框架法令”(Regulation(EC)No549/2004)，可以出于安保和國防政策的考量采取保障措施，包括依照國際空運組織區域空中航行協議對空域監視的責任、嚴重的國內騷亂事件影響到維持正常的法律秩序、戰爭或者構成戰爭威脅的國際緊張局勢、履行與維護和平和國際安全的國際義務、開展軍事行動和訓練。
過渡期。規定了將歐盟單一航空運輸市場擴展到非歐盟成員國的過渡期。
與雙邊協定的關系。“歐洲共同航空區”協定的規定高于現行各方之間的雙邊航空運輸協定。但是過渡期內，如果有關所有權、航權、運力、航班頻率、機型更換、代碼共享、定價在雙邊協定中的安排更為靈活，則繼續適用。
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