由于港口作業的特殊性及港口供應鏈組織的差異，以貨運一體化企業供應能與貨運產業供應鏈有著較大的區別。
1.貨運一體化供應鏈與多元化產業鏈構成差異：經濟規律的借鑒與利用以貨運企業為核心的一體化供應鏈主要包括供應商（貨主）、船公司、港口企業、陸上運輸公司、分銷商等。其實現的是供應鏈各個環節的資產專有化的治理方式，在一個企業內部通過制度化完成。
（1）經濟規律的借鑒以港口多元化產業關聯為基礎的航運產業鏈，聯系各類產業的投入產出貨流（多元化產業鏈由不同區域之間產業的內在技術關聯形成），并由此形成貿易流通環節。通常貨運多元化產業鏈的構建必須是有機的，有時體現為互補或替代，同時體現為多元化產業在不同區域之間關系的整合。這種治理形態往往不是通過投資完成供應鏈上下游企業的資產專有化，而是通過港口區位優勢影響多元產業鏈與貿易貨流，形成更為直接的內在聯系與聯系的傳導。
（2)經濟規律的利用貿易貨流雖然是市場形成的，但是多元化產業關聯卻是航運企業有意識介人這種價值鏈關系中加以引導與治理的。其治理方式往往可以利用不同區域之間的產業內在關系參與中間戰略環節投資與治理，或者發揮港區資源區位優勢，通過中間環節戰略產業的投資建立港口及相關產業建立貿易流量（簡）的聯系。有時，也會通過全球不同區域之間產業特征，通過貸款融資以及運輸價格等的干預，進行戰略性產業布局，這種治理有些類似協調或松散型治理，主要是利用經濟杠桿或機制對多元化航運產業鏈的形成發揮影響。
2.貨運一體化供應鏈與多元化產業鏈比較：戰略目標與戰略手段
（1）戰略自標與手段比較在貨運一體化企業供應鏈中，往往根據其覆蓋的航線與區域來構建內部治理的航運網絡，各個環節成為企業全球覆蓋的必然一環、由于各個環節在企業治理形式上屬于上級企業（松散型聯盟則為業務的橫向聯合與協調，但其合作部分的目標一致)，所以，各個環節的企業目標必須與總公司完全一致，為執行總公司的戰略目標服務。貨運多元化產業鏈具有全球視角。它本身建立在全球區域產業關系相對穩定的成長的視角上。貨運多元化產業鏈以全球不同地區與國家的產業性質、關聯及結構為基礎，通過信貸，融資、價格優惠及直接投資中間環節的戰略產業，規劃具有多元關聯的戰略產業影響區域產業布局。它是利用經濟手段影響不同區城多元化產業網絡的布局。
（2)干預模式與方略這些產業并非屬于貨運供應鏈企業內部治理的范疇；但是，它根據全球產業布局、關聯及梯度結構特點作出關聯，通過互補、替代、組合及整合，保證貨流及貿易流的穩定增長；另一方面，由于產業關聯基礎上形成貿易貨流的增長具有穩定性、風險的互補性及產業結構梯度增長的成長性，所以，具有改變或減少貨運業大資本因風險高、資產專用、沉淀成本高及資金鏈長所造成的風險。它的治理并不是在高度制度化的企業內部進行治理，而是在經濟規律與產業機制下，通過全球區域與國家質檢的戰略性布局，以港口為航運經營的節點，完成戰略性產業之間的投資與合作。
