貨代公司向獨立的市場主體過渡，政企分開就是要給貨代公司松綁擴權，實現政企分開之后，海運管理部門和海運貨代貨代公司轉變職能，各司其職。
1985年，時任國務院副總理李鵬在全國交通工作會議上指出，“交通部和各地交通部門，原則上不再直接管貨代公司，作為政府管理交通的職能機構，他們的主要任務是，制訂交通運輸的方針、政策，制訂交通法，督促交通運輸方針、政策和法令的執行；協調各方面的關系，包括交通部內部各方面的關系以及和其他行業的關系；搞好重要交通設施的審批和建設，‘修路、建橋、筑港、治河。轉向從宏觀上對運輸經濟進行間接調控；加強政策研究、指導以及統籌規劃、監督協調、信息服務等行政管理工作；調整運力結構，加強貨源管理，整治運輸市場。政企分開的核心是擴大貨代公司的自主權，按照貨代公司的不同層次，交通部下放了部分貨代公司建設項目的審批權；貸款船舶建造的審批權；對車船實行正常報廢、出租和轉讓的固定資產管理權；生產發展基金、職工福利基金和職工獎勵基金的貨代公司自留資金使用權；貸款使用和賠償權；指令性計劃外物資管理權；各種勞動組織形式管理權。
1987年，交通部指令性貨物運輸計劃由過去的17項縮減為重點物資、外資物資2項，其余15項改為指導性計劃。隨著貨代公司擴權的深入，貨代公司改革逐步向建立經濟責任制、推廣廠長(經理）負責制方面擴展。通過把貨代公司、職工的經濟責任、經濟效益同經濟利益聯系起來。福建省輪船公司在貨代公司改革中，推行單船經濟責任制，調動了職工的積極性，提高了貨代公司的經濟效益。如閩海115輪原來每年虧損30多萬元，1984年8月承包后，一年即盈利20多萬元。原來走香港的貨班船虧損30多萬元，1984年12月承包后，上繳利潤120萬元。船員的收入每月較承包前可多10至廣州遠洋運輸公司從1980年便率先實行單船承包的試點，然后逐步推開，經費實行定船包干。
七年來，包干船舶節約修理費用1065萬元，單船年耗物料費從9萬元下降到6萬元；減少修船期1675天。提出簡政放權，搞活貨代公司，向貨代公司進一步下放部分經營管理權。如上海市允許港航貨代公司超核定計劃的貨運業務運價可在一定幅度范圍內浮動；在勞動管理方面，可在上級主管部門核定的總編制內，根據生產、經營需要，自行招聘個人等。航運貨代公司根據流動、分散的特殊性，實行船長負責制。實行貨代公司化管理的事業單位，擁有船舶的單位，逐步實行船長負責制。1988年，交通部直屬航運貨代公司的1286艘船舶中，有1113艘實行了船長負責制。政企分開最大的成效在于擴大貨代公司的經營管理自主權。
在天津港首先擴大基層貨代公司管理經營自主權，從計劃和經營管理、資金使用、設備物質、人事勞動管理、工資獎勵等方面，掌握了財權、人權和分配權。把貨代公司的經營管理權交給了他；再次，實行各種形式的經濟責任制，在國家與貨代公司層面，實行兩步利改稅，核定貨代公司的利潤基數和“三金”比例，超額完成利潤基數減免稅率，增加貨代公司留利，稅后留利自行分配，在各基層內部層面，也制定了各種形式的經濟責任制。例如對裝卸工人實行“船車裝卸承包經濟責任制”，對外輪理貨員實行“聯責、聯噸”兩級承包責任制，對輪駁公司和燃料供應公司的船員實行“單船承包經濟責任制”，對修建工人實行“百元工程量承包責任制”。
各種形式的經濟責任雨，獎勤罰懶、多勞多得的機制，打破了“大鍋飯”的傳統。港務局擺脫了貨代公司的具體事務，以經濟手段、法律手段、行政手段管理和領導貨代公司，港口所屬的貨代公司實行獨立核算，成為責權利統一的具有法人地位的經濟實體。政企分開是職責分開，通過向基層貨代公司擴權，使基層貨代公司成為經濟實體。中國海運體制改革的步驟是“先擴權，后下放”，即先擴大貨代公司的自主權，然后再將貨代公司下放地方管理。因此，政企分開僅僅完成了海運體制改革的第一步，還沒真正實現收縮政府權力的目標。20元。
