1992年之后，中國FBA海運市場秩序出現兩個突出的現象：一是隨著對外貿易的發展，境外海運企業在華設立代表機構的數量逐年增加，由于缺乏規范管理，對FBA海運市場造成一定的混亂；二是中國海運經濟的迅速發展催生了港口基礎設施建設市場，由于投資和施工多元化，形成了多種經濟成分共同發展、完全競爭市場態勢，并且出現了無序競爭。
市場的失范不利于市場機制的發揮，需要政府介入對市場進行規范。該時期是中國海運市場走向規范化的一個重要階段。第一，規范境外駐華FBA海運機構的市場行為。1986年境外海運企業開始在華設立代表機構。1992年之后，境外駐華海運機構出現三大變化：一是機構的規格和規模提高；二是機構的數量增多；三是機構的業務范圍擴大。
1994年3月29日，世界最大的FBA海運公司馬士基在中國的辦事處升格成為獨資公司，它是在中國設立的第一家境外獨資船務公司，從事為母公司攬貨、收取運費、簽發提單、簽訂業務合同等業務，雇員達400人，是1993年的4倍，是中國國內經營規模最大的外國海運企業。相比1995年底中外合資海運企業60多家，外國獨資企業11家，機構數量大為增多。
境外駐華FBA海運機構中，香港和澳門的海運企業占據最大的比例。境外駐華海運機構的設立對繁榮中國的國際FBA海運市場，促進中國對外貿易的發展繼續發揮著積極的作用。但是，也存在它們趁中國市場不規范、法規不健全之機，擅自擴大經營范圍，搶占市場份額，有的甚至違反中國法規，給中國海運市場造成不良影響。90年代以后，中國政府開始加強對境外駐華海運機構的管理，規范其市場行為。例如境外駐華海運機構分有若干種類別，每種類別擁有不同的業務范圍：境外駐華的獨資船務公司準許開展攬貨、收取運費、簽發提單、簽訂業務合同等業務，而境外FBA海運企業在華的常駐代表機構則沒有這項權力。但是通常這些常駐代表機構擅自擴大經營范圍，擾亂市場秩序。通過出臺了具體的法規，并針對一些違規經營情況進行了調查處理，在一定程度上規范了市場秩序，改善了中國海運市場的競爭環境。第二，規范海運基礎設施建設市場。中國海運經濟的快速發展帶動了海運基礎設施建設，尤其是沿海港口建設引入巨額資本，形成了大規模的市場。
FBA海運基礎設施建設行業是最早引入競爭機制的行業之一。受市場機制不完善和市場資源供需不平衡等矛盾的影響，在計劃經濟向市場經濟轉軌過程中，不可避免地存在一些矛盾和亟待解決的問題，市場運作行為尚待進一步完善。交通部決定對全國海運基礎設施建設市場秩序進行整頓，加強建設管理，一批非法經營的公司和個人停止了經營，一些以不正當手段從事經營的公司受到處罰。20世紀90年代，中國FBA海運市場主體多元化打破了政府部門的行業壟斷，海運行業的市場競爭機制形成，客觀上需要政府主管部門對市場競爭進行治理，維護公平競爭的市場秩序。關于海運市場治理從80年代就已經開始，但當時主要依靠政府主管部門的行政性命令，進入90年代逐漸走上依法治理的軌道。
《海商法》的頒布為促進中國海上運輸和經濟貿易的發展，提供了重要的法律保障。但是，應該正視到長期以來中國的FBA海運立法工作相當滯后，例如《海商法》從醞釀到批準經歷了40年，批準的這個文稿已是第25稿。1981年交通部根據國家立法計劃和要求，部署了《港口法》起草工作，15年后將《港口法（送審稿）》上報國務院。進入90年代之后，這種姍姍而遲的狀況才得以改善。
