經過20世紀80年代海運體制的改革和國際海運市場的開放，在海運經濟中政府力量收縮，市場力量擴大。進入90年代以后，政府職能進一步調整，政府作用的重點在于對FBA頭程海運經濟的宏觀調控而市場體系進一步完善，市場對海運經濟初步發揮資源配置的基礎性作用。
關于政府的作用
在亞馬遜頭程海運市場開放十余年之后，市場的盲目性和滯后性逐漸凸顯，中國政府通過對運力和港口進行調控，降低市場失靈對海運經濟帶來的損失程度。在該時期，中國政府改變以往直接干預海運企業微觀具體的管理和生產的做法，轉向“抓大放小”，僅直管數家大型企業，將工作重心轉移到全行業的管理之上，這有利于中國行業競爭力的增強，以及為國際海運業市場化的順利推進提供保障。除此之外，政府對于FBA頭程海運市場的統一與開放發揮不可替代的作用。
第一，在國際海運市場統一方面。兩岸三通既是中國的重大政治事件，也是海運事業的重大事件。
在該時期，兩岸的經濟增長率都很高，雙方的貿易關聯度也越來越高，潛在的國際海運量巨大，只因政治的藩籬割裂了兩岸的航線。自1979年起，中國政府一直推進海峽兩岸的海運通航事業。由于臺灣當局在FBA海運方面仍實行“三不”政策（不接觸、不談判、不妥協），中國大陸與臺灣地區不能直接通航。在此背景下，兩岸的海運一般通過兩種途徑解決：第一，臺灣地區與中國大陸之間的進出口業務以三角貿易形式進行，且必須經由第三地港口轉運，日本、韓國和中國香港成為中國臺灣地區與中國大陸貿易主要的中轉地；第二，中國臺灣地區和中國大陸的頭程海運企業將船舶移籍國外成為方便旗船，交由國外公司經營，此類船舶均可以停靠中國臺灣地區和中國大陸的港口。
長期以來，以第一種方式為主，第二種方式較少采用，中國遠洋運輸公司曾將部分船舶交付給注冊在巴拿馬、馬耳他和塞浦路斯等方便旗大國的公司使用，由設立在中國香港的著名公司如Para-kou,TatOn和YiekFung來經營管理。90年代中國大陸的目標是海峽兩岸“雙向直航”。在海峽兩岸的共同努力下，海峽兩岸定點直航取得了重大突破，1997年4月19日福建省廈門輪船總公司的一艘掛圣文森方便旗的輪船從廈門開往高雄；4月24日，臺灣立榮國際海運公司的一艘輪船從高雄駛向廈門，標志兩岸定點直航雙向開通。此次的定點直航僅局限于國際貿易中轉的集裝箱運輸，在此之后中國政府堅持不懈地破除種種限制，為實現兩岸無障礙直航努力。
